ولد في بيروت في 24 حزيران/يونيو 1974، وأنهى دراسته الأكاديميّة في العام 1993، وانخرط بعدها في الدراسة الدينيّة في المعهد الشرعي الإسلامي في بيروت، بالتوازي مع دراسة العلوم الاجتماعية في الجامعة اللبنانيّة. تخرّج من المعهد الشرعي الإسلامي في العام 2001، وحضّر دروس البحث الخارج عند والده المرجع السيّد محمد حسين فضل اللّه (رض) حتى وفاته في العام 2010.

جامعيًّا, حصل على شهادة الدكتوراه في علم اجتماع المعرفة من الجامعة اللبنانية في العام 2015. في مقاربته وكتاباته ودروسه الدينيّة العامّة، وكذلك في مشاركاته في الندوات والمؤتمرات الفكريّة، يجمع السيّد جعفر فضل اللّه بين التأصيل الديني والتخصّص الأكاديمي، ما يُضفي على نتاجه نكهة تجمع بين الأصالة والمعاصرة مع التركيز على الأثر العملي المتوقّع. يمتاز نتاجه باعتماد القرآن الكريم كمحور أساس في التفكير المنظومي، ومعيار لربط المعارف الدينية المستقاة من المصادر الأخرى، سواء الحديث الشريف وغيره، وكذلك لقبولها أو رفضها.